Berbeda halnya dengan sumber air permukaan yang mudah sekali tercemar. Namun demikian air yang berasal dari dalam tanahpun akan jadi tercemar juga jika sistem penampungan dan penyalurannya tidak bagus. Secara umum proses pengolahan air dibagi dalam 3 unit, yaitu:
1. Unit Penampungan Awal (Intake). Unit ini dikenal dengan istilah unit Sadap Air (Intake). Unit ini berfungsi sebagai tempat penampungan air dari sumber airnya. Selain itu unit ini dilengkapi dengan Bar Sceen yang berfungsi sebagai penyaring awal dari benda-benda yang ikut tergenang dalam air seperti sampah daun, kayu dan benda2 lainnya.
2. Unit Pengolahan (Water Treatment). Pada unit ini, air dari unit penampungan awal diproses melalui beberapa tahapan:
a. Tahap Koagulasi (Coagulation). Pada tahap ini, air yang berasal dari penampungan awal diproses dengan menambahkan zat kimiaTawas (alum) atau zat sejenis seperti zat garam besi (Salts Iron) atau dengan menggunakan sistem pengadukan cepat (Rapid Mixing). Air yang kotor atau keruh umumnya karena mengandung berbagai partikel koloid yang tidak terpengaruh gaya gravitasi sehingga tidak bisa mengendap dengan sendirinya. Tujuan dari tahap ini adalah untuk menghancurkan partikel koloid (yang menyebabkan air keruh) tadi sehingga terbentuk partikel-partikel kecil namun masih sulit untuk mengendap dengan sendirinya.
b. Tahap Flokulasi (Flocculation). Proses Flokulasi adalah proses penyisihan kekeruhan air dengan cara penggumpalan partikel untuk dijadikan partikel yang lebih besar (partikel Flok). Pada tahap ini, partikel-partikel kecil yang terkandung dalam air digumpalkan menjadi partikel-partikel yang berukuran lebih besar (Flok) sehingga dapat mengendap dengan sendirinya (karena gravitasi) pada proses berikutnya. Di proses Flokulasi ini dilakukan dengan cara pengadukan lambat (Slow Mixing).
c. Tahap Pengendapan (Sedimentation). Pada tahap ini partikel-patikel flok tersebut mengendap secara alami di dasar penampungan karena massa jenisnya lebih besar dari unsur air. Kemudian air di alirkan masuk ke tahap penyaringan di Unit Filtrasi.
d. Tahap Penyaringan (Filtration). Pada tahap ini air disaring melewati media penyaring yang disusun dari bahan-bahan biasanya berupa pasir dan kerikil silica. Proses ini ditujukan untuk menghilangkan bahan-bahan terlarut dan tak terlarut.
Secara umum setelah melalui proses penyaringan ini air langsung masuk ke unit Penampungan Akhir. Namun untuk meningkatkan kualitas air kadang diperlukan proses tambahan, seperti:
1. Proses Pertukaran Ion (Ion Exchange). Proses pertukaran ion bertujuan untuk menghilangkan zat pencemar anorganik yang tidak dapat dihilangkan oleh proses filtrasi atau sedimentasi. Proses pertukaran ion juga digunakan untuk menghilangkan arsenik, kromium, kelebihan fluorida, nitrat, radium, dan uranium.
2. Proses Penyerapan (Absorption). Proses ini bertujuan untuk menyerap / menghilangkan zar pencemar organik, senyawa penyebab rasa, bau dan warna. Biasanya dengan membubuhkan bubuk karbon aktif ke dalam air tersebut.
3. Proses Disinfeksi (Disinfection). Sebelum masuk ke unit Penampungan Akhir, air melalui Proses Disinfeksi dahulu. Yaitu proses pembubuhan bahan kimia Chlorineyang bertujuan untuk membunuh bakteri atau mikroorganisme berbahaya yang terkandung di dalam air tersebut.
4. Unit Penampung Akhir (Reservoir). Setelah masuk ke tahap ini berarti air sudah siap untuk didistribusikan ke masyarakat.